分公司分為獨立核算跟非獨立核算，非獨立核算，沒法自己申報納稅，因此總公司和分公司在同一地且同一管轄區的情況下，可以由總公司統一報稅，如果不在同一地區，那么按照屬地原則，分公司要單獨在其所在地進行申報的。
獨立核算即是分公司能自己支配資金，自己做賬，人力資源自己招募分配等，就屬于獨立核算，可以向稅局申請獨立報稅。如果說資金，人力都要等總公司分配，屬于非獨立核算，也沒法自己申報納稅。這里所說的稅務，是指企業所得稅。
二、分公司怎么進行記賬報稅
1、稅務登記等。稅務登記證要跟營業執照一起，分公司的也要辦稅務登記證，還要在領取營業執照后30日內辦理。
2、申報納稅。視乎稅種。
營業稅在勞務發生地繳稅;企業所得稅由總機構匯總申報;代扣繳個人所得稅由支付工薪的機構代扣繳。
三、是否獨立核算是總機構說了算。判斷是否獨立核算，主要有3點：
(1)是否獨立開設銀行賬戶。
(2)是否獨立記賬。
(3)是否自負盈虧。
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